Vedeckovýskumná činnosť sa orientuje najmä na rozvoj metód automatického riadenia a ich aplikácie v oblasti pohonných systémov, robotiky, energetiky, výrobných, chemickotechnologických, ako aj biologických procesov. Do popredia záujmu sa postupne dostali metódy optimálneho riadenia zložitých systémov, decentralizovaného, adaptívneho, robustného a prediktívneho riadenia, v súčasnosti najmä problémy sieťového a robustného hybridného riadenia a metódy výpočtovej inteligencie v riadení.
Na ústave sa od jeho vzniku v r. 2006 riešilo vyše 50 úloh základného výskumu a vyše 100 úloh aplikovaného výskumu (pozri Zoznam projektov).
Riešená problematika v rámci VEGA projektov zahŕňa nasledovné oblasti:
- Inteligentná navigácia servisného robota
- Robustné hybridné metódy riadenia
- Algebraické prístupy riadenia nelineárnych systémov
- Moderné metódy riadenia priemyselných procesov
- Nové metódy a programové vybavenie pre sieťové riadenie
- Biokybernetika a telemedicína
